Sammenstøtet brøt ut under en jødisk pilgrimreise nord på den okkuperte Vestbredden, sier det palestinske helsedepartementet.
Det skal ha skjedd i nærheten av begravelsesmonumentet Josefs grav i utkanten av byen Nablus.
Den drepte skal være en 16-åring som døde av et sår i hodet etter å ha blitt skutt av israelske styrker.